imshow で2 次元の画像表示をした後に、その座標軸(gca)に対してrectangle を実行すればできます。rectangle で画像の中心座標(width と height のそれぞれの半分)を指定します。
見やすくするために下記ではrを20にしています。
img = imread('peppers.png');
imshow(img)
r = 20;
%// center
c = [width(img)/2 height(img)/2];
pos = [c-r 2*r 2*r];
rectangle(gca, 'Position',pos,'Curvature',[1 1],'EdgeColor', 'r')
