少し期間空いてしまったので、もうあきらめていらっしゃるかもしれませんが、
Simsape MultbodyのFile Solidを使ったSpatial Contact Forceは以下のリンクのように凹形状を凸形状近似して接触を解く仕様です。
対応策としては Point Cloud Contact を利用いただくか、代理接触の考え方で相当する接触面を構築頂くかになります。
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