中途半端になる点線になるグラフのスクリプト部分を切り抜いて、下記のプロットを作成してみたところ、下記のプロットでも同様に、点線が中途半端になることを確認しました。
x2 = [3.5 3.4 3.3 3.1 3.6 4.0 3.8 2.9 3.2 2.9 3.4 3.0 3.2 3.2 3.0 3.3 3.2 3.3 2.9 3.5 3.2 3.3 3.5 3.3 3.1 3.2 2.8 2.6 3.2]';
X2 = [ones(length(x2),1) x2];
b2 = X2\y2;
yCalc2 = X2*b2;
plot(x2,yCalc2,'k--')
これは、x座標が2.9 ~ 3.7間で、なんどもプロット線が重なっている状態のため、点線が潰れてしまっています。
そのため、下記の例のように、x2を昇順に並び変えてあげることで、きれいな点線にすることができました。
[newX, sortIdx] = sort(x2);
newY = yCalc2(sortIdx);
plot(newX,newY,'k--');