readtable関数を用います。
一つおきに入っている"00000000"は上位の桁とみなすのでしょうか? 下記は単に"00000000"を読み飛ばす例です。
tbl = readtable('sample.txt', ... % 読み込むファイル名
'TextType', 'string', ... % インポートされるテキストデータの型('char'|'string')
'ReadVariableNames', false, ... % 最初の行を変数名として読み取るか否か
'Delimiter',' ', ... % フィールドの区切り記号
'NumHeaderLines',4, ... % ヘッダーの行数
'Format','%s %*s') % 列の形式。%*s⇒%sに変えると"00000000"も読み込む
