MATLAB 上で扱える変数名は63 文字までと制限されており、テーブル型として読み込む際の列名は変数と同様の扱いで64文字以降は切り捨てられる仕様となっています。
参考:命名規則はありますか?
残念ながら、上記の制約を変更することはできませんが、readtable 関数での読み込みの際、元の列名はVariableDescriptions プロパティに格納されています。
例:
T = readtable('mydata.csv','VariableNamingRule','preserve');
T.Properties.VariableDescriptions % 元の列名が格納されている