まず、Logのコピー.txtのデータ読み取りと、3次元の図形での確認方法の例を示します。
すみませんが、4列目の2値化した輝度値というのがよく分からなかったので、とりあえず4列目はグレースケール化して表示しました。
logData = readmatrix('Logのコピー.txt');
cData = repmat(logData(:,4) ./ 255, 1, 3); % 255:白 0:黒
s = scatter3(logData(:,1), logData(:,2), logData(:,3), 'CData', cData, 'Marker', '.', 'MarkerEdgeColor', 'flat');
次に3点を通る断面の確認ですが、少々実装が面倒でしたので、参考までに簡略化して、x座標が200の面の断面を表示（x座標が200未満点群を非表示）する例を示します。
isOver200X = logData(:,1) >= 200;
s.MarkerFaceAlpha = 'flat';
s.AlphaData = double(isOver200X);% X座標が200未満の点群を透明化
