一番大きい値が20と分かっているならば、下記でどうでしょうか？
diffCsvList = {};% A - Bを行った答えを格納する変数
diffNumList = [];% 番号の差分を格納する変数
data_prev = [];
for i = 20 : -1 : 1
fileName = ['V（', num2str(i), '）.csv'];
if isfile(fileName)
data = csvread(fileName);
if ~isempty(data_prev)
diffCsvList{end + 1, 1} = data_prev - data;
diffNumList(end + 1, 1) = i_prev - i;
end
data_prev = data;
i_prev = i;
end
end
一番大きな番号が分からないのであれば、下記はいかがでしょうか？
files = dir('*.csv');
fileNames = {files.name};% 現在のフォルダにある.csvのファイル名を取得する。
numberCell = regexp(fileNames, '^V（(\d+)）\.csv$', 'once', 'tokens');%V（番号）.csvの番号を抽出する。
isVFile = cellfun(@(x) ~isempty(x), numberCell);
numberCell(~isVFile) = '';%V（番号）.csv名以外のファイルがあった場合、それを除外する。
numberStr = cellfun(@(x) x, numberCell);
number = str2double(numberStr);
sortNumber = sort(number, 'descend');% 番号を降順にする。
diffCsvList = cell(length(sortNumber) - 1, 1);% A - Bを行った答えを格納する変数
diffNumList = zeros(length(sortNumber) - 1, 1);% 番号の差分を格納する変数
csvData1 = csvread(['V（', num2str(sortNumber(1)), '）.csv']);
for i = 2 : length(sortNumber)
csvData2 = csvread(['V（', num2str(sortNumber(i)), '）.csv']);
diffCsvList{i - 1} = csvData1 - csvData2;
diffNumList(i - 1) = sortNumber(i - 1) - sortNumber(i);
csvData1 = csvData2;
end
