forループの外でfigureとsubplotで座標軸を用意しておき、forループの中では指定した座標軸に書き込むようにすると上書きとなります。
figure,
ax1 = subplot(3,2,1);
ax2 = subplot(3,2,2);
ax3 = subplot(3,2,3);
ax4 = subplot(3,2,4);
ax5 = subplot(3,2,5);
ax6 = subplot(3,2,6);
for i = 1:number
A = Depth_Data(:,:,i);
A1 = imcrop(A,[55,0,150,120]);
B = medfilt3(A1);
mesh(ax1,A)
imagesc(ax2,A)
mesh(ax3,A1)
imagesc(ax4,A1)
mesh(ax5,B)
imagesc(ax6,B)
end
