axesのオプションで調整が可能だと思われます
x = (1:2:9)';
y = (1:2:9)';
図を作成します
f = figure;
ax1 = axes('Position',[0.1 0.1 0.7 0.7]);
ax2 = axes('Position',[0.55 0.2 0.2 0.2]);
plot(ax1,x,y,'.r')
plot(ax2,x,y,'.r')
axis(ax1,[0 10 0 10])
axis(ax2,[0 4 0 4])
ラベルも入れてみましょうか
xlabel(ax1,'x');
ylabel(ax1,'y');
