こんにちは。
C = nchoosek([1:5],3)
で、1から5までの数から3つを取り出す組合せを全て列挙してくれます。ですのでリストしたファイルの総数をNとすると
C = nchoosek([1:N],3)
で、組合せが全て得られます。
あとはforループでその組み合わせ分だけ回せばいいので
for combi = 1:size(C,1)
fileIDs = C(combi,:); % このループの組合せ
file1 = filelist(fileIDs(1)); % ファイル名をリスト化しておき、該当するIDのファイル名を取得
file2 = filelist(fileIDs(2));
file3 = filelist(fileIDs(3));
% ファイルの読込み
XXX
% 処理
YYY
% 結果の保存
ZZZ
end
みたいな感じで書けばいいかと思います。