"==" で文字列を比較する場合、文字列を行列としてあつかい、それぞれの要素(**番目の文字)が同じであるかを比較することになるため、両辺の文字列の長さが同じである必要があります。
文字列全体が同じであるかどうかを比較するためには strcmp 関数を使用します。今回の場合ですと、以下のようになります。
tmp = input('set "on" or "off" >', 's');
if strcmp(tmp, 'on')
disp('set as on');
else
disp('set as off');
end