上記コードでカメラが撮影後に閉じてしまいますか？上記コードをもし丸々繰り返しているなら、冒頭のclearコマンドで一個前に作ったmとcamが消えてしまうので、それが原因かもしれません。下記のようにforループを撮影から画像保存までで閉じる形にしたら大丈夫だと思います。
clc
clear
m = mobiledev;
cam = camera(m,'back');
cam.Autofocus = 'on';
for i = 1:100 % とりあえず100コマ
img = cam.snapshot('manual');
fname = [char(datetime('now','Format','yyyy-MM-dd HHmmSS')),'.jpg'];
imwrite(img,['指定したフォルダ',fname]);
end
clear
