R2016a 以降、アプリケーションコンパイラ/ライブラリコンパイラといった GUI ツールを使用してスタンドアロンアプリケーションまたはライブラリのインストーラを作成することができますが、こちらのインストーラーでは選択的な MCR をインストールします。
実際には「ランタイムを Web からダウンロード」にチェックを入れた場合はインストーラーは必要なコンポーネントのみをダウンロードしてインストールします。「ランタイムをパッケージに含む」にチェックを入れた場合は必要なコンポーネントのみをインストーラーに含み、実行時にはそれらのみをインストールします。
なお、上記のダウンロードサイトからダウンロードしたインストーラーモノリシック ランタイムをインストールします。選択的なインストールを構成することはできません。