Code edited to include output3 added by OP.
@Georgios Tsiledakis, Use repelem() rather than looping over the data (especially without preallocation) for obtaining output2.
I'm confused as to why you are reshaping the data in the code mentioned above.
%Using random data (1e4x1) as we do not have your data
%10000 random integers in the range [100,1000]
in = randi([1e2 1e3],1e4,1);
%unique elements
un = unique(in);
%frequency of unique elements
freq = histcounts(in,[un;Inf]);
vec = arrayfun(@(x) 1:x, freq, 'uni', 0);
out1 = [vec{:}]';
out2 = repelem(freq,freq)';
out3 = repelem(1:numel(freq),freq)';
disp([sort(in) out1 out2 out3])
100 1 10 1
100 2 10 1
100 3 10 1
100 4 10 1
100 5 10 1
100 6 10 1
100 7 10 1
100 8 10 1
100 9 10 1
100 10 10 1
101 1 12 2
101 2 12 2
101 3 12 2
101 4 12 2
101 5 12 2
101 6 12 2
101 7 12 2
101 8 12 2
101 9 12 2
101 10 12 2
101 11 12 2
101 12 12 2
102 1 17 3
102 2 17 3
102 3 17 3
102 4 17 3
102 5 17 3
102 6 17 3
102 7 17 3
102 8 17 3
102 9 17 3
102 10 17 3
102 11 17 3
102 12 17 3
102 13 17 3
102 14 17 3
102 15 17 3
102 16 17 3
102 17 17 3
103 1 9 4
103 2 9 4
103 3 9 4
103 4 9 4
103 5 9 4
103 6 9 4
103 7 9 4
103 8 9 4
103 9 9 4
104 1 7 5
104 2 7 5
104 3 7 5
104 4 7 5
104 5 7 5
104 6 7 5
104 7 7 5
105 1 15 6
105 2 15 6
105 3 15 6
105 4 15 6
105 5 15 6
105 6 15 6
105 7 15 6
105 8 15 6
105 9 15 6
105 10 15 6
105 11 15 6
105 12 15 6
105 13 15 6
105 14 15 6
105 15 15 6
106 1 13 7
106 2 13 7
106 3 13 7
106 4 13 7
106 5 13 7
106 6 13 7
106 7 13 7
106 8 13 7
106 9 13 7
106 10 13 7
106 11 13 7
106 12 13 7
106 13 13 7
107 1 8 8
107 2 8 8
107 3 8 8
107 4 8 8
107 5 8 8
107 6 8 8
107 7 8 8
107 8 8 8
108 1 9 9
108 2 9 9
108 3 9 9
108 4 9 9
108 5 9 9
108 6 9 9
108 7 9 9
108 8 9 9
108 9 9 9
109 1 12 10
109 2 12 10
109 3 12 10
109 4 12 10
109 5 12 10
109 6 12 10
109 7 12 10
109 8 12 10
109 9 12 10
109 10 12 10
109 11 12 10
109 12 12 10
110 1 15 11
110 2 15 11
110 3 15 11
110 4 15 11
110 5 15 11
110 6 15 11
110 7 15 11
110 8 15 11
110 9 15 11
110 10 15 11
110 11 15 11
110 12 15 11
110 13 15 11
110 14 15 11
110 15 15 11
111 1 10 12
111 2 10 12
111 3 10 12
111 4 10 12
111 5 10 12
111 6 10 12
111 7 10 12
111 8 10 12
111 9 10 12
111 10 10 12
112 1 10 13
112 2 10 13
112 3 10 13
112 4 10 13
112 5 10 13
112 6 10 13
112 7 10 13
112 8 10 13
112 9 10 13
112 10 10 13
113 1 7 14
113 2 7 14
113 3 7 14
113 4 7 14
113 5 7 14
113 6 7 14
113 7 7 14
114 1 9 15
114 2 9 15
114 3 9 15
114 4 9 15
114 5 9 15
114 6 9 15
114 7 9 15
114 8 9 15
114 9 9 15
115 1 12 16
115 2 12 16
115 3 12 16
115 4 12 16
115 5 12 16
115 6 12 16
115 7 12 16
115 8 12 16
115 9 12 16
115 10 12 16
115 11 12 16
115 12 12 16
116 1 14 17
116 2 14 17
116 3 14 17
116 4 14 17
116 5 14 17
116 6 14 17
116 7 14 17
116 8 14 17
116 9 14 17
116 10 14 17
116 11 14 17
116 12 14 17
116 13 14 17
116 14 14 17
117 1 12 18
117 2 12 18
117 3 12 18
117 4 12 18
117 5 12 18
117 6 12 18
117 7 12 18
117 8 12 18
117 9 12 18
117 10 12 18
117 11 12 18
117 12 12 18
118 1 16 19
118 2 16 19
118 3 16 19
118 4 16 19
118 5 16 19
118 6 16 19
118 7 16 19
118 8 16 19
118 9 16 19
118 10 16 19
118 11 16 19
118 12 16 19
118 13 16 19
118 14 16 19
118 15 16 19
118 16 16 19
119 1 17 20
119 2 17 20
119 3 17 20
119 4 17 20
119 5 17 20
119 6 17 20
119 7 17 20
119 8 17 20
119 9 17 20
119 10 17 20
119 11 17 20
119 12 17 20
119 13 17 20
119 14 17 20
119 15 17 20
119 16 17 20
119 17 17 20
120 1 16 21
120 2 16 21
120 3 16 21
120 4 16 21
120 5 16 21
120 6 16 21
120 7 16 21
120 8 16 21
120 9 16 21
120 10 16 21
120 11 16 21
120 12 16 21
120 13 16 21
120 14 16 21
120 15 16 21
120 16 16 21
121 1 5 22
121 2 5 22
121 3 5 22
121 4 5 22
121 5 5 22
122 1 10 23
122 2 10 23
122 3 10 23
122 4 10 23
122 5 10 23
122 6 10 23
122 7 10 23
122 8 10 23
122 9 10 23
122 10 10 23
123 1 12 24
123 2 12 24
123 3 12 24
123 4 12 24
123 5 12 24
123 6 12 24
123 7 12 24
123 8 12 24
123 9 12 24
123 10 12 24
123 11 12 24
123 12 12 24
124 1 6 25
124 2 6 25
124 3 6 25
124 4 6 25
124 5 6 25
124 6 6 25
125 1 10 26
125 2 10 26
125 3 10 26
125 4 10 26
125 5 10 26
125 6 10 26
125 7 10 26
125 8 10 26
125 9 10 26
125 10 10 26
126 1 17 27
126 2 17 27
126 3 17 27
126 4 17 27
126 5 17 27
126 6 17 27
126 7 17 27
126 8 17 27
126 9 17 27
126 10 17 27
126 11 17 27
126 12 17 27
126 13 17 27
126 14 17 27
126 15 17 27
126 16 17 27
126 17 17 27
127 1 9 28
127 2 9 28
127 3 9 28
127 4 9 28
127 5 9 28
127 6 9 28
127 7 9 28
127 8 9 28
127 9 9 28
128 1 7 29
128 2 7 29
128 3 7 29
128 4 7 29
128 5 7 29
128 6 7 29
128 7 7 29
129 1 12 30
129 2 12 30
129 3 12 30
129 4 12 30
129 5 12 30
129 6 12 30
129 7 12 30
129 8 12 30
129 9 12 30
129 10 12 30
129 11 12 30
129 12 12 30
130 1 7 31
130 2 7 31
130 3 7 31
130 4 7 31
130 5 7 31
130 6 7 31
130 7 7 31
131 1 13 32
131 2 13 32
131 3 13 32
131 4 13 32
131 5 13 32
131 6 13 32
131 7 13 32
131 8 13 32
131 9 13 32
131 10 13 32
131 11 13 32
131 12 13 32
131 13 13 32
132 1 13 33
132 2 13 33
132 3 13 33
132 4 13 33
132 5 13 33
132 6 13 33
132 7 13 33
132 8 13 33
132 9 13 33
132 10 13 33
132 11 13 33
132 12 13 33
132 13 13 33
133 1 11 34
133 2 11 34
133 3 11 34
133 4 11 34
133 5 11 34
133 6 11 34
133 7 11 34
133 8 11 34
133 9 11 34
133 10 11 34
133 11 11 34
134 1 11 35
134 2 11 35
134 3 11 35
134 4 11 35
134 5 11 35
134 6 11 35
134 7 11 35
134 8 11 35
134 9 11 35
134 10 11 35
134 11 11 35
135 1 10 36
135 2 10 36
135 3 10 36
135 4 10 36
135 5 10 36
135 6 10 36
135 7 10 36
135 8 10 36
135 9 10 36
135 10 10 36
136 1 12 37
136 2 12 37
136 3 12 37
136 4 12 37
136 5 12 37
136 6 12 37
136 7 12 37
136 8 12 37
136 9 12 37
136 10 12 37
136 11 12 37
136 12 12 37
137 1 10 38
137 2 10 38
137 3 10 38
137 4 10 38
137 5 10 38
137 6 10 38
137 7 10 38
137 8 10 38
137 9 10 38
137 10 10 38
138 1 12 39
138 2 12 39
138 3 12 39
138 4 12 39
138 5 12 39
138 6 12 39
138 7 12 39
138 8 12 39
138 9 12 39
138 10 12 39
138 11 12 39
138 12 12 39
139 1 6 40
139 2 6 40
139 3 6 40
139 4 6 40
139 5 6 40
139 6 6 40
140 1 12 41
140 2 12 41
140 3 12 41
140 4 12 41
140 5 12 41
140 6 12 41
140 7 12 41
140 8 12 41
140 9 12 41
140 10 12 41
140 11 12 41
140 12 12 41
141 1 8 42
141 2 8 42
141 3 8 42
141 4 8 42
141 5 8 42
141 6 8 42
141 7 8 42
141 8 8 42
142 1 13 43
142 2 13 43
142 3 13 43
142 4 13 43
142 5 13 43
142 6 13 43
142 7 13 43
142 8 13 43
142 9 13 43
142 10 13 43
142 11 13 43
142 12 13 43
142 13 13 43
143 1 9 44
143 2 9 44
143 3 9 44
143 4 9 44
143 5 9 44
143 6 9 44
143 7 9 44
143 8 9 44
143 9 9 44
144 1 8 45
144 2 8 45
144 3 8 45
144 4 8 45
144 5 8 45
144 6 8 45
144 7 8 45
144 8 8 45
145 1 14 46
145 2 14 46
145 3 14 46
145 4 14 46
145 5 14 46
145 6 14 46
145 7 14 46
145 8 14 46
145 9 14 46
145 10 14 46
145 11 14 46
145 12 14 46
145 13 14 46
145 14 14 46
146 1 9 47
146 2 9 47
146 3 9 47
146 4 9 47
146 5 9 47
146 6 9 47
146 7 9 47
146 8 9 47
146 9 9 47
147 1 9 48
147 2 9 48
147 3 9 48
147 4 9 48
147 5 9 48
147 6 9 48
147 7 9 48
147 8 9 48
147 9 9 48
148 1 14 49
148 2 14 49
148 3 14 49
148 4 14 49
148 5 14 49
148 6 14 49
148 7 14 49
148 8 14 49
148 9 14 49
148 10 14 49
148 11 14 49
148 12 14 49
148 13 14 49
148 14 14 49
149 1 13 50
149 2 13 50
149 3 13 50
149 4 13 50
149 5 13 50
149 6 13 50
149 7 13 50
149 8 13 50
149 9 13 50
149 10 13 50
149 11 13 50
149 12 13 50
149 13 13 50
150 1 11 51
150 2 11 51
150 3 11 51
150 4 11 51
150 5 11 51
150 6 11 51
150 7 11 51
150 8 11 51
150 9 11 51
150 10 11 51
150 11 11 51
151 1 10 52
151 2 10 52
151 3 10 52
151 4 10 52
151 5 10 52
151 6 10 52
151 7 10 52
151 8 10 52
151 9 10 52
151 10 10 52
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This is an interesting problem, specifically to find a vectorized solution for output 1.