カレンダー期間配列(calendarDuration)を使えば良さそうですが、うるう年を無視する必要がありそうです。
単純に年月日を数値データにばらし、年だけを適当な値に変更した datetime 型を再度作成して使うのはどうでしょう。
N = 10;
dtData = [datetime(randi(2023,N,1),4,24,0,0,0); ...
datetime(randi(2023,N,1),5,24,0,0,0)];
Data = randi(12,N*2,1);
ttData = timetable(dtData,Data)
dtvec = datevec(ttData.dtData); % 日付と時刻を成分のベクトルに変換
dtvec(:,1) = 2000; % 年のみ適当な値に統一する
ttData.dtData = datetime(dtvec); % 再度 datetime 型に変換
scatter(ttData.dtData,ttData.Data);
xlim([datetime(2000,4,1,0,0,0),datetime(2000,6,30,0,0,0)]);