いくつかあります。
まずは、単純に並列化です。 https://jp.mathworks.com/help/parallel-computing/parallel-for-loops-parfor.html 似た方法に、GPUの利用もあります。 https://jp.mathworks.com/help/parallel-computing/gpuarray.html
次はベクトル化です。 https://jp.mathworks.com/help/matlab/matlab_prog/vectorization.html
高速化に取り組まれる前に、どこで計算が遅いかを把握するのも良いと思います。
https://jp.mathworks.com/help/matlab/matlab_prog/measure-performance-of-your-program.html
いかがでしょうか。