「一度コード内にrngを記述すると、その上の行にも影響を与えるのか？」とのご質問ですが、結論から言いますと「No」となります。rng(1) はその行以降の処理に影響を与えるのみで、それ以前の処理には影響しません。
おそらく、プログラムを何度も連続して実行すると「AとBともに同じ行列が生成」されるためにそのような疑問を持たれたのではないかと思います。しかし注意深く見て頂くと、MATLABを起動して 1回目にプログラムを実行したときと、2回目の実行時では配列A,Bは異なる値が生成されていると思います。ところが 2回目以降は何度実行しても「AとBともに同じ行列が生成」されます。さて、何が起きているのでしょうか？
謎を解く手がかりは、「プログラムを連続して実行する」という部分にあります。ここで、MATLABを起動した時点での乱数発生器の状態をXとします。1回目にプログラムを実行すると、乱数発生器Xから配列Aが生成されることになります。その後、プログラム終了時点で乱数発生器の状態がYになったとします。2回目にプログラムを実行すると、乱数発生器Yから配列Aを生成するので、1回目とは異なる配列となります。さて、2回目のプログラム終了時点での乱数発生器の状態はどうなっているでしょうか？答えは「1回目終了時と同じ、Yになっている」です。これは、プログラムの中に rng(1) が入っているためです。すると 3回目に実行すると、ふたたび乱数発生器Yから配列Aが生成されるため、2回目の実行時と同じ配列Aになってしまうというわけです。
これを回避するには、やはり 2行目の rng('shuffle') を含めるのが確実かと思います。
