ラピッドアクセラレーターモードの再ビルドは、行われる条件があります。全てのパラメーターではありませんが、多くのパラメーターは、再ビルドをせずに調整できます。以下のドキュメンテーションにて説明されています。
簡単には、RapidAcceleratorUpToDateCheck をoffにすることで、不要な再ビルドを抑制できます。
また、 Simulink.BlockDiagram.buildRapidAcceleratorTarget を使用してビルドすると、再ビルドなくパラメーターを調整できます。ただし、本機能はR2012bで導入されたもので、R2012aでは動作しないと考えられます。