質問させていただいてから気付いたのですが、rectangle関数で出力した四角形はfacealphaがないものの、annotationのオブジェクトとしてrectangleを指定すればfacealphaが設定できるのですね。
annotation関数を失念していたのですが、やろうとしていたのはtext関数で文字を出し、その下にrectangle関数を出して「text関数での文字を四角で囲む」ことでした(text関数のbackgroundcolorもありだったのですが、囲みをどうしても正方形にしたかったのでやめました)。annotationなら、これは達成できそうですね(これから試してみます)
ただplot等ではどうやればいいのか全くピンときません。スポイトみたいなものが使えると嬉しいのですが……ご教示いただけましたら幸いです。