Quartusでは、Verilogの初期化ループの反復制限が、デフォルトで 5000 に設定されています。
この値を制御するパラメータの名前は「Iteration limit for constant Verilog loops logic option」で、下記ページにて確認できます。
このパラメータをループ回数より大きな値に変更することをお試しください。
例えば、サブシステムにアドレス幅が16ビットのRAMブロックが含まれている場合、Verilog コードには RAM 内の値を初期化するループがあるため、RAM 内の 65536 個の値をループします。
Quartusでは、Iteration limit for constant Verilog loops logic option」パラメータは、下記になります。
Assignments -> Compiler Settings -> Advanced Settings (Synthesis)... -> Iteration limit for constant Verilog loops