DENGROGRAM関数では、CLUSTER関数で出力されるクラスターと一致させて色づけすることはできません。
代替案として、DENGROGRAM関数の "colorthreshold"オプションを使用する方法があります。
NumCluster = 3; % クラスター数
rand('state', 7)
data = [rand(10,3); rand(10,3)+1; rand(10,3)+2]; % サンプルデータ
dist = pdist(data, 'euclidean'); % 距離行列計算
link = linkage(dist, 'complete'); % クラスターツリーの行列計算
clust = cluster(link, 'maxclust', NumCluster); % クラスター数を指定して、クラスタリング
color = link(end-NumCluster+2,3)-eps; % 閾値を計算
[H,T,perm] = dendrogram(link, 0, 'colorthreshold', color); % 色分けの閾値を指定して描画
この例では、LINKAGE 関数の出力変数 tree の3列目に含まれる距離（クラスターツリーの高さ）の情報を用いて、指定したクラスター数となる距離から微小な値(eps) を差し引くことで閾値をとして計算しています。
なお、上記の例で指定される変数 NumCluster の値は、2以上である必要があります。
