MATLABデスクトップ上のワークスペースブラウザ上のnow_time の値が、0.0011 と四捨五入された表示されるのは、ワークスペースブラウザ上や変数エディター上では、表示される変数の値のフォーマットが short 形式で表示されるために生じています。
なお、デスクトップ上のワークスペースブラウザ上の表示の桁数を変更することはできませんが、変数エディター上に表示される値のフォーマットは変更いただくことが可能です。
[ホーム]タブ→[環境]セクション→[基本設定]をクリックすることで設定画面を開いていただき、[MATLAB]→[変数]→[形式] における"既定の配列形式"が変数エディタの表示形式に相当します。
ここを、"long" に指定することで、コマンドウインドウでformat longと指定したときのような表示形式となります。
詳細については、以下のコマンドもしくは URL のリンクよりヘルプドキュメントをご覧ください。
・ワークスペースと変数の基本設定 > 変数の基本設定
>> web(fullfile(docroot, 'matlab/matlab_env/set-workspace-and-variable-preferences.html'))