findall でX軸のラベルのグラフィックオブジェクトを抽出することで変更可能です。
たとえば日本語環境では、デフォルトのX軸ラベルは「周波数 (rad/s)」になっていると思います。そこで以下のようにするとラベルの文字列やフォントを変えることが可能です。
% ボード線図を作成
H = tf([1 0.1 7.5],[1 0.12 9 0 0]);
bode(H)
% 日本語環境では「周波数 (rad/s)」であることを利用してグラフィックオブジェクトを抽出
hText = findall(gcf, 'String', '周波数 (rad/s)');
% 任意のラベルに変更
hText.String = 'ラジアン毎秒';
hText.FontName = 'MS Mincho';
hText.FontSize = 14;
