MATLAB Onlineの環境でアップロードできないということでしょうか?
MATLAB Drive (https://drive.mathworks.com/files/)のWebページでアップロードしてみたり、複数のCSVファイルをZipファイルに圧縮してMATLAB Onlineでファイルアップロードをしてみたりしたらどうでしょうか。
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