各データの初期値とは、セル配列となった trajectoriesTheta1, trajectoriesTheta2 の各データセットの最初の１点目でしょうか。
単純な方法でしたら plot または plot3 で該当のデータ点のみをプロットして、マーカーの色やサイズを指定します。
plot(trajectoriesTheta1{i}(1), trajectoriesTheta2{i}(1), ...
'LineStyle', 'none', ...
'Marker', 'o', ...
'MarkerSize', 12, ...
'MarkerEdgeColor', 'k', ...
'MarkerFaceColor', 'none')
3次元でプロットしたい場合は plot3 で。
plot3(trajectoriesTheta1{i}(1), trajectoriesTheta2{i}(1), trajectoriesV1{i}(1), ...
'LineStyle', 'none', ...
'Marker', 'o', ...
'MarkerSize', 12, ...
'MarkerEdgeColor', 'k', ...
'MarkerFaceColor', 'none')
