meandataが32列目のデータしか格納されないのは、for ループの meandata = arrayfun(@mean, data{i}); で同じ変数名で上書きされているので、最後のループのi=32だけが格納されているためです。
forループを使わないでcellfunで一度で格納できます。
meandata = cellfun(@(x) mean(x(:,6)), A.Pelvic); % 1x32 double
for n = 1:length(A.Pelvic)
figure;
plot(A.Pelvic{n}(:,6), 'b')
hold on
%plot(meandata, 'r');
yline(meandata(n), 'r');
hold off
end