恐らくシミュレーション精度が得られていないものと推察されます。スプリング要素があることも有り、質点の速度は本来は相当に高速な振動となるはずです。
ソルバー設定の見直しをお勧めいたします。現在、固定ステップソルバーでシミュレーションを実施されているようですが、固定ステップソルバーは誤差を制御する（精度を保証する）メカニズムを持たないため、振動的な現象に対しては期待通りの計算精度が得られない場合があります。
今回のように積分計算に関して予想外のシミュレーション結果が見られた場合には、固定ステップソルバーのステップサイズを短くするか、可変ステップソルバーに切り替えて結果が改善するか確認されると良いかと思います。（固定ステップソルバーにおいて、ステップサイズは精度に直結します）
ただし、今回のモデルはかなり高速に振動するものであるため、精度を得るには相当な時間をかけたシミュレーションが必要となる可能性が高いです。各パラメーターが現実的であるか、構成が適切かを改めてご確認することを併せてお勧めします。（対象が微小な質量であるため、相当な加速度が発生し、難しいシミュレーションになるのではないかと考えています）
