The second plot image and your code do not appear to provide the same results, at least with respect to the plot.
That aside, this should work regardless —
clear
% im=imread("D:\THORS Imaging\08.06.24\Result of on_20000-off_20000.tif")
im = imread('https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/uploaded_files/1749384/image.png');
figure
imshow(im)
title('Original')
![](https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/uploaded_files/1749414/image.png)
im=imrotate(im, -96,"bilinear");
im=imcrop(im, [200, 450, 700, 150]);
result=im
result = 151x182x3 uint8 array
result(:,:,1) =
Columns 1 through 30
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 51 59 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 54 63 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 57 65 54 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 48 48
48 48 49 51 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 60 60 51 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 50 56 61 59 51 48 48 48 48 48 48 48 48 49 54 51 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 50 56 64 67 60 50 48 48 48 48 48 48 49 56 51 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 55 55 49 49 48 48 48 48 48 48 50 57 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 55 49 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 48 48 48 48 48 49 48 48 48
48 49 48 48 48 48 48 48 50 54 51 50 48 48 48 48 48 48 48 50 58 57 52 48 48 48 48 48 48 48
50 50 48 48 48 48 48 48 54 61 57 54 48 48 48 48 48 48 48 52 63 61 56 49 48 48 48 48 48 48
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48 48 48 53 53 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 50 48 48 48 48 48 48 48 52 54 51
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48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 49 48 48 48 48 48 48 52 49 49 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 51 49 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 49 48 48 48 48 50
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 50 55 63 55 48 48 48 51
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48 48 48 48 49 68 48 48 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50
48 48 48 48 49 54 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 56 54 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
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48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 58 55 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
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48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
50 54 53 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 51 51 48 48 49 57 64 48 48 48 48
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48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 52 48 48 48 48 48
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48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 52 52 48 48 48 48 48 48 48
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 50 48 48 48 48 48 48 48 50 51
48 48 48 48 52 55 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 51 51 48 48 48 48 48 48 48 56 60
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55 62 63 67 63 62 59 60 54 52 63 60 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 51 60 61 57 61 66 63 55
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31 80 165 63 66 68 68 70 63 51 61 61 53 48 54 57 53 53 49 48 52 50 60 106 132 41 30 25 46 29
107 48 93 56 101 69 68 69 66 63 51 68 60 49 48 56 61 69 60 69 67 65 67 83 99 36 29 30 68 42
43 32 62 124 80 63 63 69 66 47 57 44 67 61 59 62 68 68 67 67 51 68 61 68 62 53 48 54 54 68
67 62 65 84 60 57 57 67 66 63 56 49 64 63 64 60 60 59 55 56 54 63 64 67 52 46 49 50 48 50
69 62 55 55 65 63 56 55 51 48 56 61 54 54 58 56 52 51 48 48 49 55 63 64 50 45 58 63 54 67
44 50 58 54 63 67 61 56 51 48 53 55 49 51 59 60 53 52 52 48 48 52 60 65 59 55 60 61 64 58
34 42 58 58 57 58 52 48 48 53 61 60 52 50 54 55 51 48 49 48 48 49 60 68 59 49 52 62 69 67
57 58 57 62 52 48 49 49 48 62 40 57 61 59 58 54 51 49 48 48 48 48 61 64 62 56 50 58 62 57
68 63 54 66 51 49 56 53 49 49 57 58 62 57 54 54 52 49 49 48 48 48 61 62 66 67 56 57 52 49
52 58 63 67 49 53 65 60 50 48 67 56 64 58 51 41 71 47 47 65 54 55 58 66 64 63 69 64 61 54
48 50 55 59 56 62 64 53 54 48 68 47 64 56 68 58 151 159 33 58 55 65 63 68 49 46 62 44 67 60
65 49 57 61 49 66 61 61 49 35 65 56 56 52 60 55 41 39 27 43 67 68 46 69 38 33 35 27 70 62
57 52 64 63 48 59 45 54 50 58 65 62 53 57 54 45 59 43 42 32 41 73 84 101 88 73 47 57 69 64
49 52 51 63 80 52 48 63 49 52 62 63 57 60 57 35 52 68 68 66 62 65 71 86 116 115 59 68 65 57
48 56 60 97 97 51 68 66 60 56 66 68 66 61 56 55 64 59 59 65 61 46 39 42 61 64 57 58 54 50
59 65 62 133 102 54 62 56 50 55 59 60 66 63 59 60 59 60 56 61 66 58 48 51 59 54 55 63 69 67
56 58 54 120 76 55 60 51 49 62 68 65 64 62 60 59 62 67 70 69 69 67 61 53 52 53 60 52 38 41
49 50 49 80 49 54 64 57 64 69 68 68 67 61 51 43 52 60 66 69 62 66 67 50 66 63 65 66 67 55
61 50 48 57 50 53 58 65 57 61 64 68 70 68 54 40 62 67 68 66 42 50 45 80 99 46 58 54 49 62
51 52 62 58 54 56 65 47 69 50 51 54 61 59 53 62 67 63 61 61 60 59 29 102 89 40 62 53 58 67
63 66 66 61 63 50 49 57 67 31 117 76 49 59 57 52 56 53 58 50 53 68 41 45 33 30 57 67 69 70
66 60 68 64 66 56 54 60 57 27 47 58 50 64 64 62 65 64 62 65 64 62 56 47 53 49 68 64 68 53
53 38 59 64 57 65 64 68 69 66 53 40 57 61 59 59 42 39 44 34 45 64 65 67 65 63 68 70 67 55
62 59 63 63 57 67 64 66 57 44 32 42 65 63 53 50 41 27 26 27 41 66 66 66 67 65 59 61 70 67
55 61 65 68 67 68 70 68 67 46 33 54 57 56 60 56 57 40 56 72 53 57 44 48 51 57 67 60 57 66
47 54 57 66 53 63 68 66 68 67 57 54 46 49 54 56 67 46 81 79 51 61 36 40 55 56 63 56 38 34
60 51 59 67 44 56 60 65 51 34 47 52 52 50 42 51 60 66 44 38 56 64 45 59 93 60 30 48 62 61
59 61 67 51 46 40 38 62 55 61 63 59 63 59 32 52 57 37 46 56 55 42 58 56 84 57 32 34 50 45
68 66 65 35 32 67 69 67 69 66 59 56 66 55 40 41 31 54 106 73 51 45 68 69 103 66 48 49 46 58
49 37 64 53 42 61 65 58 65 69 64 53 60 50 46 61 56 117 181 41 47 51 56 63 40 51 33 39 41 60
44 28 43 53 64 52 66 66 57 70 68 57 62 54 40 70 100 146 166 25 48 52 55 52 62 58 27 23 42 67
48 43 46 52 64 66 66 63 58 61 62 61 63 41 56 81 86 74 40 59 50 54 55 48 53 66 65 67 63 57
48 52 61 65 64 54 49 55 63 55 55 63 64 47 40 31 26 35 61 62 52 52 50 48 50 56 64 56 38 61
52 54 54 57 56 50 48 53 56 50 51 61 68 58 55 46 51 71 51 67 62 56 52 53 52 49 60 106 56 54
63 55 49 48 48 48 48 48 48 48 49 53 64 53 50 52 82 117 54 48 64 58 58 59 57 66 99 114 47 38
66 58 55 52 48 48 48 48 48 48 51 56 65 64 65 70 51 128 138 61 54 60 59 55 55 64 51 38 41 36
62 65 46 57 52 48 48 48 48 51 62 49 47 56 60 62 42 123 188 142 82 64 58 52 50 56 60 50 50 57
52 66 50 61 54 49 48 48 48 54 67 52 46 47 37 31 60 147 226 92 51 62 64 55 49 61 40 36 50 66
48 57 56 53 54 53 50 52 50 49 63 66 66 57 69 70 86 181 213 76 46 52 51 57 54 66 69 68 63 67
52 49 48 48 55 66 66 58 50 48 59 64 59 60 142 138 49 27 88 70 57 60 45 53 62 61 50 54 67 69
59 48 49 48 49 55 65 54 50 48 51 52 52 65 55 34 43 63 69 62 46 64 65 53 51 59 68 29 37 48
64 56 59 57 53 56 64 62 60 51 49 54 57 62 58 62 64 65 61 34 44 65 66 61 63 68 69 60 45 31
64 65 67 64 62 59 51 54 60 57 54 58 62 56 53 52 49 51 58 59 62 69 66 63 68 67 60 54 62 45
71 89 75 59 55 47 36 34 56 65 52 52 58 57 58 51 50 50 55 62 60 62 61 56 62 60 61 56 59 46
Columns 61 through 90
52 48 49 49 48 48 48 48 48 48 49 50 51 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 127
51 48 48 48 57 51 48 48 48 49 51 53 58 52 51 59 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 143
51 48 48 48 55 49 48 48 48 49 51 50 49 48 48 56 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 49 159
48 48 48 48 66 66 65 56 49 48 51 52 52 48 48 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 51 53 177
48 49 50 49 49 55 58 62 53 48 60 49 48 48 48 48 48 50 48 50 49 48 48 48 48 48 48 50 54 194
48 52 61 58 52 49 51 61 60 49 59 49 48 48 48 48 49 53 50 59 54 48 48 48 48 48 48 48 54 205
50 56 66 61 51 48 49 55 61 53 50 48 48 48 48 48 48 50 50 59 59 53 50 48 48 48 48 48 70 210
51 52 56 59 49 48 48 50 58 62 59 52 48 48 48 48 48 48 48 49 54 64 69 64 49 48 50 53 88 216
51 53 51 49 48 48 48 48 55 65 67 61 51 48 48 48 48 48 48 48 48 52 61 60 48 48 55 61 107 222
48 48 50 52 58 64 61 55 57 62 63 61 53 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 54 51 48 53 60 125 228
48 48 48 48 51 58 59 54 53 57 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 51 50 48 49 53 140 233
48 48 48 48 48 49 50 49 48 52 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 151 237
48 48 48 48 48 48 48 48 48 52 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 167 243
48 48 48 48 48 63 56 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 183 248
51 48 48 48 49 60 64 57 53 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 199 253
53 48 48 48 48 50 53 55 57 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 61 207 255
48 49 50 48 48 48 48 52 58 48 48 48 49 55 59 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 77 213 255
48 52 63 62 50 48 48 51 54 48 48 48 49 56 63 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 94 218 255
48 48 50 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 53 58 53 48 48 48 49 50 49 48 49 51 50 48 110 223 255
48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 49 49 48 48 48 50 58 57 49 50 54 52 48 126 229 255
48 48 50 48 48 55 51 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 53 62 67 59 50 50 49 48 142 234 255
48 50 67 66 58 64 51 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 52 59 62 55 49 51 51 51 160 240 255
48 55 67 64 50 55 49 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 58 50 48 48 49 57 62 54 176 245 255
48 48 52 52 48 49 49 50 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 54 50 192 251 255
48 50 50 57 62 57 56 58 56 56 52 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 48 53 204 255 255
49 55 57 56 66 67 67 67 67 69 64 48 48 48 48 48 48 48 48 48 50 50 48 48 48 48 69 210 255 255
48 52 54 51 61 68 66 68 66 63 57 48 48 48 49 51 52 55 57 55 58 57 48 48 48 48 85 215 255 255
48 48 48 48 55 63 61 59 55 51 48 48 48 48 53 60 60 64 66 63 60 54 51 50 48 48 102 221 255 255
imshow(result)
![](https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/uploaded_files/1749419/image.png)
%Sums pixel intensity in each verticle column
vertsum = sum(result, 1);
%Subtracts maximum intensity
vertsum =vertsum-max(vertsum);
%Sets threshold for baseline intensity
thresholdhigh = -100; %Threshold value chosen base on intensity of image
%Remove points above the threshold
vertsum = vertsum(vertsum <= thresholdhigh);
%Performs moving average on data
vertsum = movmean(vertsum,100);
%Sets data points fo create the Gaussian fit
[xData, yData] = prepareCurveData( [], vertsum );
%Sets conversion factor between pixels and cm
conversion = 3.5/1024;
%Convert pixels to cm
xcm = xData * conversion;
L = numel(xcm)
L = 450
%Generates plot
plot(xcm, yData );
%% Find width of barrier
%Set the height of the fitted curve equal to the distance between 0 and the
%Height of intensity value
Ymin = min(yData)
Ymin = -3.7402e+04
Ymax=max(yData)
Ymax = -1.8976e+04
Yheight=Ymax-Ymin
Yheight = 1.8426e+04
%Sets variable for 1/e^2, chosen due to gaussian shape of the beam
% e = (1/((2.718281828459045)^2))
e = exp(-2)
e = 0.1353
%Sets y-value on the curve at 1/e^2
pointY = Ymax-(Yheight * e)
pointY = -2.1470e+04
%Finds nearest left side x-value on curve at 1/e^2
leftIndexWidth = find(yData <= pointY, 1, 'first')
leftIndexWidth = 1
%Finds nearest right side y-value on curve at 1/e^2
rightIndexWidth = find(yData <= pointY, 1, 'last')
rightIndexWidth = 450
%Converts pixel coordinate to cm
leftIndexWidth = leftIndexWidth * conversion
leftIndexWidth = 0.0034
rightIndexWidth = rightIndexWidth * conversion
rightIndexWidth = 1.5381
%Calculates width of curve at 1/e^2
widthpx = rightIndexWidth - leftIndexWidth
widthpx = 1.5347
XL = xlim
XL = 1x2
0 1.5381
<mw-icon class=""></mw-icon>
<mw-icon class=""></mw-icon>
zxv = find(diff(sign(yData - pointY)));
for k = 1:numel(zxv)
idxrng = max(1,zxv(k)-1) : min(L,zxv(k)+1);
xv(k,:) = interp1(yData(idxrng), xcm(idxrng), pointY);
end
Intersections = table(xv, ones(size(xv))*pointY, 'VariableNames',{'X','Y'})
Intersections = 2x2 table
X Y
______ ______
1.1667 -21470
1.2629 -21470
hold on
plot(Intersections.X, Intersections.Y, 'x-r')
hold off
grid
yline(pointY, '--k')
![](https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/uploaded_files/1749424/image.png)
Width = diff(xv)
Width = 0.0962
This code assumes that the relevant intersections exist, and tthat there are only two intersections. I can easily modify it for other situations, if necesary.
.