サンプル数 "Fs" (データ数/1秒間) が判れば、何秒時点が何番目のデータかが判ります。
%% 3分ほどの音声データ(wavファイル)のサンプル
load handel.mat
audiowrite("handel.wav", repmat(y,20,1), Fs);
%% 各種パラメータの用意
sbgn = 40; mbgn = sbgn * Fs + 1; % 開始秒数, 開始index
send = 50; mend = send * Fs + 1; % 終了秒数, 終了index
filename = "" + num2str(sbgn) + num2str(send) + ".wav"; % ファイル名
%% wavファイルを1部分切り取って保存する
[wavdat, Fs] = audioread("handel.wav"); % サンプルwavファイル読込
audiowrite(filename, wavdat(mbgn:mend,:), Fs); % 切り取ったデータのwavファイル保存