parsimは異なるモデルの並列実行に対応していないので、parforを使用するのはどうでしょうか?
simin = Simulink.SimulationInput("model1");
simin(2) = Simulink.SimulationInput("model2");
y = cell(length(simin),1);
parfor i = 1 : length(simin)
y{i} = sim(simin(i));
end
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