figureの座標軸内にあるデータのParentプロパティの値を任意の座標軸に置き換えることで、データを重ね合わせることができます。
% サンプルデータの作成
figure;
scatter(rand(10,1),rand(10,1));
figure;
scatter(rand(10,1),rand(10,1),'MarkerEdgeColor','r');
hold on;
plot([0,1],[0,1]);
drawnow();
haxes = findobj('type', 'axes');% 現在表示している座標軸をすべて取得
set(haxes(2).Children, 'Parent', haxes(1));% ２番目の座標軸の子オブジェクト（ラインや点のデータ）をすべて１番目の座標軸に変更
% 空の座標軸とデータをひとつにまとめた座標軸ができる。
また、figure（ウィンドウ画面）は透明にできません。
座標軸であれば、Colorプロパティの４要素目の値を0に設定すると透明になります。
figure;
scatter(rand(10,1),rand(10,1));
haxes = gca;
haxes.Color = [0.5,0.5,0.5,0];% Colorの4要素目は透明度設定
