PLYのフォーマットを見てみましたが、elementやそれらのpropertyにバリエーションがあり、
柔軟に作ろうとするとそれなりに大変そうに思いました。取り急ぎですが、手元にあるものを改変し、パリのバイナリplyフォーマットに対応した関数readPointCloudFromBinaryPLY.mを作成いたしました。
(ヘッダー確認するだけのshowPLYHeaderも副産物として添付します)
[pt,classIDs] = readPointCloudFromBinaryPLY('Lille2.ply');
で、ポイントクラウドオブジェクトとして読込みが可能となるかと思います。pt.Colorに色情報としてクラスIDが格納されていますが、より直接的にクラス情報としてclassIDsも出力する仕様にしています。
他のPropertyが必要になるケースもあるかと思いますが、ひとまずこちらを参考にしていただければと思います。

