プロットの凡例の順序は通常、データをプロットした順番と一致しますが、legend 関数実行時に順番を指定する ことができます。
それぞれのオブジェクトのハンドルを、表示されたい順番に legend 関数の第一引数として与えます。
figure(1)
hold on
h0 = plot(rand(5,1),'red');
h1 = plot(rand(5,1)+1,'blue');
h2 = plot(rand(5,1)+2,'black');
legend([h0,h2,h1], 'data0','data2','data1'); % h0, h2, h1 の順番で凡例を作成
hold off