まず、MATLAB Home タブの [設定]アイコンから、[MATLAB] -> [一般] を選択し、"初期作業フォルダー"に該当のディレクトリ名が明示的に指定されていないか、確認してください。
次に、MATLAB のパス設定 pathdef.m のファイルを確認します。
MATLAB ではパスに追加されたディレクトリが削除され存在しない場合、検索パスには表示されません。
パスの設定は pathdef.m というファイルに記録されており、起動時に存在が確認されたものだけが検索パスとして登録されます。
pathdef.m に記録されたままだと、起動時に毎回削除されたディレクトリを探すことなり、質問の警告を発します。
対策としては下記の２つの方法があります。
1. pathdef.m を編集する方法
下記コマンドを実行し、パス設定を行うファイルをエディタで開きます。
>> edit pathdef.m
こちらから削除されたディレクトリが記載された一行を削除してください。
2. フォルダを復元する方法
もう一度削除されたディレクトリを作成し、MATLAB を再起動します。MATLAB の検索パスに表示されるようになるので、該当フォルダをパスから削除します。
その後、再度ディレクトリ自体を削除します。
また、上記1,2 で解決しない場合には、下記コマンドを実行し、startup.m ファイルの有無を確認してください。
>> which startup.m
存在する場合、addpath 関数でパスを追加する処理がコードに含まれていないか、ご確認ください。
