3次元の変換行列と点群で幾何学変換するpctransform()を使えばできます。 下記の例ではまさにz軸周りに回転させていますので、利用できるでしょう。
上の関数はポイントクラウドオブジェクトに対して利用するものなので、 もしデータがxyzの座標情報を持つものであれば最初にオブジェクトとして定義して利用してください。
ptCloud = pointCloud(xyzPoints)
これらはComputer Vision System Toolboxでサポートされています。
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