まず、 imwarp の 'OutputView' オプションで出力サイズを入力サイズに合わせる必要があります。
Rortho = imref2d([size(I1,1) size(I1,2)]);
I2_reg = imwarp(I2, mytform'OutputView',Rortho);
次に imshowpair で画像を重ねがきできます。
figure, imshowpair(I2_reg,I1,'blend');
ドキュメントのサンプルコードが役に立つと思います。
困ったときに下記のように検索しても出てきます。
>> doc cpselect
