"ちらつき"は figure がそれぞれアクティブになり、前面に移動するため発生していると思います。
figure 自体は操作せずに、直接 image のハンドラーを経由して値を変更することができます。
下記のコードをお試しください。
T = timer('TimerFcn',@(~,~)disp('Fired.'),'StartDelay',0.5);
figure(1);
z=rand(100,100,3);
h1 = image(z);
figure(2);
z=rand(100,100,3);
h2 = image(z);
for i=1:1:30
z1 = rand(100,100,3);
h1.CData = z1;
z2 = rand(100,100,3);
h2.CData = z2;
start(T)
wait(T)
end
このようなオブジェクトのプロパティへのアクセスは下記のヘルプが参考になります。 https://www.mathworks.com/help/matlab/creating_plots/access-and-modify-property-values.html
