(1), (2) の回答ともに、S-Functionのインラインでビルドか、非インラインでビルドするかに依存します。 インラインビルド、非インラインビルドに関する説明が、下記URLに記載されています。
・S-Function とコード生成
・Inlining S-Functions
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(1),(2) について、それぞれ、下記で回答します。
(1) S-Function を非インラインでビルドする場合、MEX-ファイルのみでビルドできます。 S-Function をインラインでビルドする場合は、ソースコードが必要です。
(2) 上記文章を元に、下記の構成があると理解しています。
フォルダ0:main モデル
フォルダ1: s_func1.h (例えばパラメータが違って m=1 など定義されている), s_func1.mexw64
フォルダ2: s_func1.h (例えばパラメータが違って m=2 など定義されている), s_func2.mexw64
非インラインでビルドする場合は、MEX-ファイルが参照されるので影響はありません。 インラインでビルドする場合は、ソースファイルが参照されるため、問題が発生すると考えられます。 実際にコード生成して、動作を確認することで、より理解が深まるかと思います。まだお試し頂いていないようであれば、簡単なモデルでぜひ一度お試しください。