CNNのネットワークの層の置き換えは下記で行うことができます。
mylayers = convnet.Layers
mylayers(1) = imageInputLayer([454 454 3]);
mylayers
また、layerの追加や連結も機能的には行うことができます。
しかし、学習済ネットワークの層を変更するには注意が必要になります。
一番最後の全結合層以降の分類器を新しいものに置き換えて転移学習するケースはありますが、入力側の層を変更することは一般的にはありません。 学習済のネットワークはその層構造全体で認識が高くなるように学習されたものなので、別の層をつけた時点で、優れた特徴抽出の特性は機能しなくなるためです。
R2017aではAlexnetのほか、vgg16やVgg19をMATLABのアドオンツールからインストールできるようになっていますし、Caffeのモデルも利用できるようになっているので、いろいろな層構造のネットワークから適したモデルを探されてはいかがでしょうか。