既に、Excelで開いた場合、actxGetRunningServer により現在実行中のンスタンスの参照を取得して利用可能です。
https://www.mathworks.com/help/matlab/ref/actxgetrunningserver.html
例：
>> h = actxGetRunningServer('Excel.Application');
>> wb = h.Workbooks;
>> awb = h.ActiveWorkbook;
>> awb.FullName
ans =
'E:\Temp\MATLAB\Book1.csv'
>> wb.Item(1).FullName
ans =
'E:\Temp\MATLAB\Book2.csv'
>> wb.Item(2).FullName
ans =
'E:\Temp\MATLAB\Book1.csv'
>> wb.Item(1).Close
% h.Quit % Excel を閉じる場合（コメントをはずして）実施
なお、AciveX API につきまして Microsoft 社の資料など、適宜ご参照ください。
