MATLAB R2014bから、figureにはジャギーな線を軽減するアンチエイリアス技術が入っています。その代わり、スムージング技術によりシャープネスを多少犠牲にしており、線の描画が曖昧になることがあります。アンチエイリアス効果を切るには、figureのGraphicsSmoothingプロパティを以下のようにoffにします。
set(gcf,'GraphicsSmoothing','off')
以下の図に二種類の線の描画の違いを示します。片方はGraphicsSmoothingをonにしており、もう片方はGraphicsSmoothingをoffにしています。

グラフ内に太さが不均一な水平や垂直の線が多いときは、AlignVertexCentersプロパティを使用して不均一性を除去します。初期値ではこのプロパティはoffになっています。不均一性を除去するには、ラインオブジェクトのAlignVertexCentersプロパティをonにします。
例えば、複数の垂直な線のプロットを作成し、すべてのラインオブジェクトのAlignVertexCentersプロパティをonにします。GraphicsSmoothingプロパティはonで初期値のままにします。
p = plot([1:10; 1:10],[1 2])
set(p,'AlignVertexCenters','on')
