ファイル名に文字と数字が混在している場合、数字を文字列として認識させる必要があります。数字を文字列に変換するには INT2STR 関数あるいは例えば '0' のように数字を直接シングルクォート ' で囲みます。
次のようなコードでいかがでしょうか。
for i=1:500
if (i < 10) % 10未満なら 00 を初めにつける
num = ['00', int2str(i)];
elseif(i < 100) % 10-99 なら 0 を初めにつける
num = ['0', int2str(i)];
else
num = int2str(i);
end
filename = ['t_0', num];
load(filename)
end
余談ですが、並列計算のツールボックス Parallel Computing Toolbox をお持ちの場合、FOR を PARFOR に変更することで、並列読み込みができます。読み込み時間が膨大にかかっている場合には時間短縮ができます。