コードを見る限り特に問題になりそうな部分は見当たりませんね・・。
a = csvread('filename.dat');
と存在するファイル名を明示的に１個だけ指定した場合は正しく読み込まれますか？ 下記のスクリプトでは exist 関数でファイルの存在を改めて確認していますが、実行結果（エラーメッセージ）をそのままコピペで教えて頂けますか？
list= dir('*.dat');
data = cell(1,length(list));
for k = 1:length(list)
list(k).name
exist(list(k).name)
data{k} = csvread(list(k).name);
end
