データ(数値)だけの区切りファイルなのでしたら fopen、 fscanf を使わずに dlmread などで読み込めます。例えば、このようなテキスト ファイルがあるとします。
1 2 3 4
5 6 7 8
fopen の代わりに
>> s = dlmread('data.txt')
s =
1 2 3 4
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