上記URLにある例は、fminsearch の目的関数の箇所に、モデルを線形化するコマンドを追加してボード線図を求め、理想応答との二乗誤差を目的関数として設定しているという例ですが、実現したいことがこの処理に近いようであればサンプルコードが役に立つと思います。 S-Function ブロックで出力した時々刻々のシミュレーションデータを使うのであれば、S-Function の出力信号に Outport ブロックを追加し、sim コマンドでシミュレーションを行い 出力引数から S-Function のデータを取得します。 sim 関数の使い方は、ドキュメントページが参考になるかと思います。
>> doc sim
