MatConvNetで作成されるmファイルの詳細は把握しておりませんが、 Neural Network Toolbox 側でも trainNetwork() による GPU 上での計算では、 cuDNN を使っており、 cnDNN 側の非決定的なルーチンが原因で毎回計算結果が異なってきます。
下記は関連記事となります。
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