初期起動フォルダはユーザーパス(userpath コマンド)で設定され、Windows 環境の場合、デフォルト値は "Documents\MATLAB"です。 ユーザーパスフォルダは、自動的に MATLAB 検索パスに追加されます。 MATLAB デスクトップの [設定] ダイアログにおいて、"初期作業フォルダー" として任意のパスが指定されている場合、起動フォルダはその設定に従いますが、ユーザパス自体は検索パスに追加されます。
起動時に MATLAB が有効なユーザーパス値を見つけられず、[設定] でも初期起動フォルダが指定されていない場合、起動フォルダ は、C:\Windows\System32 になります。
起動フォルダをデフォルトの値に設定するためには、以下のコマンドを実行し、MATLAB を再起動します。
>> userpath('reset');
上記でも解決しない場合には、以下いずれかの方法をご検討ください。
1) MATLAB を別のフォルダに再インストールします。
2) startup.m を作成し、cd コマンドで任意の場所を指定します。