2値化した後にモルフォロジー処理にて網目の部分をうめるのはいかがでしょうか。 strelの引数で、埋める際の構造を変更できますので、 最適な埋め方をいくつか試されるとよいかと思います。
I = imread('a.bmp');
BW = rgb2gray(I) > 0;
% 二値化した画像をクローズ処理
BW = imclose(BW,strel('octagon',12));
% 魚以外のノイズを除去
BW = bwareaopen(BW,1000);
% 外周に接している場所を除去
BW = imclearborder(BW);
figure ,imshow(BW)