以下のように、plotmatrix 関数の第 2 出力引数で得られた Axes のハンドルを使用して xlabel, ylabel を実行することが可能です。
X = rand(20,3);
[~,ax] = plotmatrix(X);
ylabel(ax(1,1),'var1')
ylabel(ax(2,1),'var2')
ylabel(ax(3,1),'var3')
xlabel(ax(3,1),'var1')
xlabel(ax(3,2),'var2')
xlabel(ax(3,3),'var3')
