薬剤の有効性に関与する遺伝子多型の検出

Question

Takashi Kikuchi 2017-12-20

回答： Takafumi 2017-12-24

一塩基多型（single nucleotide polymorphism）のデータを用いて、ある抗がん剤の有効性に関与する遺伝子を検出したいのですが、Matlabによってどのような解析をすればよいでしょうか？

Answer 1

Takafumi 2017-12-24

通常のSNP 解析は、ご存知だと思いますが、一つのツールで完結することはできないので、

様々なツールと組み合わせて、解析する必要があります。 MATLABで出来ることは、統計処理など限られた範囲になります。

NGSを使うという前提であれば、下の例題が参考になるかと思います。

公共データ・ベースなどからの、アノテーション情報を取り込む方法などが書いています。

Answer 2

Tohru Kikawada 2017-12-22

この分野の知見がないのですが Bioinformatics Toolbox でバリアント解析の手法をいくつかサポートしているようです。ご参考になれば幸いです。